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裂解液中的去垢剂浓度太高或配方过于剧烈:此时降低去垢剂浓度或更换去垢剂种类;
受蛋白的亚细胞定位影响:应重新选择裂解液配方来释放目的蛋白;
蛋白与蛋白之间的相互作用太弱或不太稳定:应选择亲和力更高的抗体以捕获更多的目的蛋白,从而捕获更多的相互作用蛋白;过表达提高目的蛋白的含量:选择目的蛋白或相互作用蛋白含量高的样品进行免疫共沉淀实验。

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