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样品被蛋白酶降解,处理方法:添加蛋白酶抑制剂(protease inhibitor);所有操作保持4℃以下冰上操作并防止冻融。
抗体浓度太低,处理方法:调整IP和/或IB抗体浓度, 必要时设立浓度梯度,摸索最佳浓度;
抗体亲合力太低,处理方法:选用适合于IP和/或IB的相应抗体;
IP抗体未与agarose珠子结合,处理方法:选用适合于IP的相应珠子, 正确保存防止变质或干燥;
Tag未暴露在融合蛋白构象的表面,处理方法:改变tag融合表达部位;
裂解液严谨度太高,处理方法:改用低严谨度裂解液。

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